O Museu de Geociências foi criado em 1970, com o objetivo de expor o acervo de minerais, rochas e fósseis do Instituto de Geociências da UFBA (IGEO-UFBA), composto por mostruários com amostras raras, oriundas de diferentes regiões dentro e fora do Estado da Bahia. Este amplo acervo foi resultado de pesquisas produzidas no IGEO-UFBA e de parcerias com empresas. As exposições contavam com uma equipe e estagiários que exerciam atividades de curadoria, recepção e acompanhamento dos visitantes.
Em 1992, após reestruturação do IGEO-UFBA que buscava atender à crescente demanda de ensino e pesquisa dos cursos de graduação e pós-graduação, o Museu foi desativado. Na época, o seu acervo foi subdividido e armazenado nos Laboratórios de Mineralogia, de Geologia Geral e de Sedimentologia.
Com a ampliação do espaço físico da unidade após reforma financiada por recursos do REUNI, a reimplantação do Museu Geociências foi possível.